SNP rs1426654 处 SLC452 变异的分布。来源：HGDP Browser
2014 年美国小姐 Nina Davuluri，摄影：Andy Jones。Nina Davuluri 赢得美国小姐称号后，一个次要问题浮出水面，那就是拥有她这样肤色的人似乎不可能赢得任何“印度小姐”的选美比赛。快速浏览一下 Google 图片搜索“印度小姐” 就会清楚地认识到我所指的现实。印度（尤其是女性）的审美理想偏向于本地南亚人肤色分布偏浅的一端。如果将 Nina Davuluri 与“平均”南亚人相比，她本人并不是特别黑；事实上，她可能处于中位数。但如果她在主流印度媒体上被奉为传统美女，那将令人惊讶。当我向一些印度人指出这一奇特现象时*，有些人会认为有黑皮肤的女明星，但当我查看这些女演员时，她们肤色也并非非常黑，尽管也许与该行业内普遍的肤色相比，她们确实是。但无论文化现实如何，肤色差异与审美差异之间紧张的关系促使我们问：南亚人最初的肤色为何如此多样？《公共科学图书馆·遗传学》上的一篇新论文 SLC24A5 的浅肤色等位基因在南亚人和欧洲人之间共享同一来源，深入探讨了这个问题。在这一领域，很多容易解决的问题早已被解决。几年前，一些具有较大效应的遗传变异，已知在西欧亚大陆的许多人群中多态性，而在南亚人群中存在分化。用更通俗的语言来说，这意味着导致表型巨大变化的几个基因，在印度次大陆起源的人群中，甚至在家庭内部，都有不同的“口味”。因此，你可以看到同胞之间在肤色上有巨大差异（作为混合人群的非洲裔美国人具有类似情况）。虽然在东欧亚大陆和西欧亚大陆脱色是趋同进化（在重叠基因集中的不同突变）的案例，但智人早期祖先的深肤色状态在美拉尼西亚到非洲都得到了良好保留。那么，这篇论文的角度是什么呢？有两个方面。第一，**它对南亚人群的覆盖范围非常出色。**这一点很重要，因为要理解肤色差异，你应该考察那些差异很大的人群。之前的大部分工作都集中在人类分布的极端人群，即非洲人和欧洲人。这种方法有明显的局限性。如果你研究的是变异性状，那么关注那些展现出完整变异范围的人群可能很有用。第二，这篇论文深入探讨了人类肤色多样化所带来的细微进化和系统发育学问题。人们常说“种族不过是皮肤上的差异”，好像是为了淡化人类生物学变异的重要性。**但皮肤确实是个重要的问题。**它是我们最大的器官，而色素基因位点似乎相当特殊。你可能知道，在大约 20% 的基因变异中，大陆人群（种族）之间存在分区。但这并非所有基因都如此。而色素基因往往是这条规则的例外。2005 年底，一篇论文的发表可以说开启了现代色素基因组学的时代，SLC24A5，一种假定的阳离子交换体，影响斑马鱼和人类的色素沉着。作者发现，一个非同义突变导致了非洲人和欧洲人之间皮肤颜色差异的 25% 至 33% 的变异。而且，在两个人群之间，以及在欧洲人和东亚人之间，该等位基因的频率几乎是互斥的。在比较欧洲人和非洲人以及东亚人时：
几乎所有的变异都分布在人群之间，而人群内部的变异非常少。
与祖先状态不同的衍生的SNP在欧洲人的频率约为 100%，在非洲人和东亚人的频率约为 0%。人们常说（你可以在谷歌上搜索到！）这个变异是人类基因组中与欧洲人 vs. 非洲人相关的第二大祖先信息等位基因。SLC24A5 仅仅是开始。SLC45A2、TYR、OCA2 和 KITLG 只是众多字母组合中的一部分，它们被理解为影响人类正常色素沉着的变异。尽管色素基因的数量相对较多，**可以肯定地说，在任何两个地理上差异较大的人群之间，该性状的群体间变异约 90% 将由约 10 个基因决定。**通常还会存在幂律分布。前几个具有大效应的基因占变异的 50% 以上，而后续基因的重要性则逐渐降低。那么，这如何推动整体结果呢？- 作者通过他们的人群覆盖范围证实，SLC24A5 在亚大陆的印度-伊朗语系和达罗毗荼语系人群中似乎是多态性的。衍生变异的频率在西北部约为 90%，在亚大陆各地的婆罗门人群中约为 80%，而在一些部落群体中约为 10-20%。- 尽管存在南北梯度，但相对温和，相关性约为 0.25。与经度相关性要强得多，但我相当确定这反映了他们对东部恒河平原印度-伊朗语系人群采样不足的假象。正如文中暗示的那样，与经度的相关性与喜马拉雅和缅甸地区边缘地带的藏缅人群倾向于缺乏西欧亚等位基因有关。- 使用基于单倍型的自然选择检验，作者推断该等位基因的频率在印度北部被积极推高，而在南部则没有。可能是因为南部衍生等位基因频率较低，作者的检测能力不足。而且，我曾想过北部的选择是否仅仅是西欧亚大陆所发生情况的回声。
但如果你看北部 A 等位基因的频率，大多数人群的衍生变异频率似乎高于他们推断的“古代北印度人”
。也许更有趣的是，这些结果所阐明的**人类进化动态和系统发育学的宏观图景。**通过对 SLC24A5 区域进行重新测序，这些研究人员证实，衍生变异在西欧亚大陆及南亚的所有人群中确实是同一来源的。这意味着**这个突变发生在大约末次冰期最大盛期，在西欧亚人群与东欧亚人群分离之后。**作者使用了一些标准的系统发育技术给出了一些数字，但承认只有古 DNA 才能真正阐明更深层的问题。当我看到这样的文字时，我的直觉和希望是，很快会有更多论文出现。当我第一次读到 《SLC24A5 的浅肤色等位基因在南亚人和欧洲人之间共享同一来源》 时，我认为有必要阅读 《古DNA将美洲原住民与欧洲联系起来》 和 《混合参数和基因流来源的高效矩基推理》。原因可以追溯到我在这篇帖子开头生成的图表：注意美洲原住民不携带 SLC24A5 的西欧亚变异。关于那名大约 24,000 岁的西伯利亚男孩及其古 DNA 的发现表明，存在一个与西欧亚人亲缘关系比东欧亚人更近的人群，他们对美洲原住民的祖先做出了贡献。美洲原住民缺乏欧洲 SLC24A5 变异，这让我认为，这种选择还没有开始，或者欧洲变异不被青睐。另一篇论文报道称，欧洲人的祖先约 20-40% 可能来自一个古老的北欧亚人群，与西欧亚人（或至少不是近亲）无关。这个人群很可能与西伯利亚男孩有关。由于欧洲人固定了 SLC24A5 的衍生变异，这意味着这种选择必须发生在 24,000 年之后。
此时我必须承认，我认为需要谨慎称之为“欧洲变异”。仅仅因为它在欧洲几乎固定，并不意味着该变异起源于欧洲。如果你看衍生变异的频率，你会发现它在中东北部相当高。看看中东人群样本中的一些人群，祖先变异可能完全由古代与非洲的混合造成。如果选择始于最后一个冰河时代，那么欧洲大部分地区将是无人居住的。现代分布很有信息量，但肯定不能说明全部故事。现在我们已经知道，SLC24A5，以及整个色素问题，正在被基因组学全面阐述。我们尚不清楚为什么浅肤色会受到如此强烈的选择。我们也还不清楚这种选择从何处开始，何时开始。但通过逐步填补拼图碎片，我们或许能在不久的将来理解这种具有适应意义的性状。**引用：**Basu Mallick C, Iliescu FM, Möls M, Hill S, Tamang R, et al. (2013) The Light Skin Allele of SLC24A5 in South Asians and Europeans Shares Identity by Descent. PLoS Genet 9(11): e1003912. doi:10.1371/journal.pgen.1003912 * 根据我的个人经验，在美国出生的印度人常常不持有同样的偏见和歧视，部分原因是印度背景下重要的细微肤色差异在美国看起来很荒谬。
