1961年，印度尼西亚爆发了一场霍乱疫情。五年内，该疾病蔓延到印度、苏联、伊朗和伊拉克，十年内蔓延到西非。到1991年，它已经袭击了拉丁美洲。仅在1995年，该疾病就在全球造成超过5000人死亡，并使数十万人患上使人衰弱的腹泻。
引起几乎所有死亡和痛苦的，仅仅是霍乱弧菌中的一个菌株。这个菌株被称为O1，它产生一种毒素，该毒素会结合到小肠细胞上，引发一系列反应，细胞将大量氯离子和水泵出——每天可达五加仑。如果不迅速补充盐和水，患者就会死亡。
令人惊讶的是，大多数霍乱弧菌菌株是无害的生物，生活在河流和开阔的海洋中并在此繁殖。但在其进化史上的某个时刻，O1菌株变得致命。是什么导致了这种致命的转变？根据微生物学家马修·沃尔多（Matthew Waldor）的说法，是一支病毒。
沃尔多在波士顿新英格兰医学中心工作，他的同事约翰·梅卡拉诺斯（John Mekalanos）在哈佛大学，他们在研究已知包含编码霍乱毒素的ctx基因的细菌DNA片段时发现了这种病毒。他们怀疑病毒可能将基因感染给了细菌，因为病毒经常将其自身的遗传物质插入细菌。另一种可能性是不同菌株的细菌在交换基因，这是野生菌株中常见的现象。
沃尔多和梅卡拉诺斯发现，在将O1细菌的毒素基因替换为编码抗生素抗性的基因后，病毒确实是罪魁祸首。然后，他们将这些细菌与对抗生素敏感的菌株一起培养，发现第二种细菌中的一些现在已经具有抗性。
接下来，他们将细菌通过一个非常精细的过滤器。过滤后留下的无菌液体仍然可以转移抗生素抗性，即使经过用攻击裸露DNA（即未经保护病毒衣壳的DNA）的酶处理。沃尔多和梅卡拉诺斯得出结论，病毒正在将基因从一个菌株传播到另一个菌株；他们还成功地用电子显微镜拍摄了它。
研究人员怀疑这种长而细的病毒通过细菌的菌毛进入细菌——菌毛是细菌用来附着在肠道上的毛发状结构。菌毛之所以可疑，是因为缺乏菌毛的细菌可以抵抗感染。通过侵入细菌，ctx病毒获得了家园；此外，每次细菌分裂时，它的基因都会被复制。那么，霍乱弧菌仅仅是无情寄生的受害者吗？显然不是。沃尔多说，毒素引起的腹泻（带有大量水分和盐分）为细菌提供了完美的生长介质。对霍乱弧菌来说，这就像迈阿密海滩，沃尔多说。这是一个绝佳的生存场所。事实上，如此之好，以至于每千分之一夸脱的腹泻（每天约产生20夸脱）中，约含有1亿个细菌。如果霍乱患者在河流中排便，他就会帮助细菌——以及病毒——传播。
虽然ctx不是第一个已知的以这种方式引起疾病的病毒——白喉和肉毒杆菌中毒都是由被病毒劫持的细菌引起的——但它的发现可能导致更安全的活霍乱疫苗。最近开发的一种疫苗含有霍乱弧菌，其毒素基因部分缺失。它已在全球6500人身上进行了测试，似乎安全且具有高度保护性。尽管如此，疫苗中的细菌在体内仍有可能被ctx病毒再次感染的危险。
沃尔多和梅卡拉诺斯认为他们的疫苗将避免这种风险。沃尔多说：“在我们的疫苗中，我们删除了病毒在细菌上的附着位点，这样病毒就无法进入染色体。”失去家园后，病毒无法长期生存。沃尔多和梅卡拉诺斯开发的疫苗已在约100名陆军志愿者身上进行了测试，未出现任何疾病。未来两年的试验将确定他们的疫苗实际效果如何。
