来源： PartnerHund 对于那些对犬类进化基因组学感兴趣的人来说，这是一个激动人心的时刻。2010 年，一篇关于 SNP 芯片 的重要论文发表，题为 全基因组 SNP 和单倍型分析揭示了犬类驯化的丰富历史。如今，我们正进入全基因组研究的时代，这一点很重要，因为许多 SNP 芯片都是基于家犬设计的（也就是说，它们旨在检测犬类变异，因此可能会扭曲我们对狼类变异的认知）。最近，我谈到了对犬类进化基因组学进行的一项 分析，题为 犬类选择的基因组学以及犬类与人类之间的平行进化。该研究组得出的主要有趣结论是将犬类和狼类谱系的分化推得更早，大约在 30,000 年前，这与一些考古学和线粒体 DNA 的发现一致。但我不认为他们关于犬类起源于东亚的论点令人信服。现在，arXiv 上的一篇新预印本 基因组测序突出了受选择基因以及犬类早期动态历史，将这一时间推得更远。首先，在阅读论文后，我推荐阅读 Haldane's Sieve 上的评论，作者们在那里进行了来回的讨论。其次，其中一位作者将 补充信息 放在了 Dropbox 上，所以您也可以获取。我强烈推荐后者，因为它包含详细的方法、代码，以及对 D 统计量等概念的简洁而有用的解释。总的来说，这篇论文分为两大主题：系统发育学以及适应性和选择性分析。对以色列、克罗地亚和中国狼，以及一只巴辛吉犬、一只拳击犬和一只澳洲野狗进行了多次 X 覆盖。对于主要分析，样本量为 N=1，但这并不是一个大问题，因为由于重复覆盖，它们对这些个体之间的多态性估计非常准确和精确。
这篇论文在人口统计学方面的一个主要启示是：情况很复杂。 作者推断，家犬在过去经历过一个数量级为一到两个数量级的种群瓶颈。其次，狼类也经历过种群瓶颈，尽管程度较轻。第一次阅读时，我对第二个发现感到惊讶，但在与一位犬类遗传学家交谈后，我被告知这个狼类瓶颈早已为人所知。 基因组学证实了先前的预期，而不是发现了新的推断。也许一个更令人惊讶的发现是，犬类的祖先，是的，有一个祖先种群，而不是多个，源自一个已灭绝的狼类谱系。他们的推断是基于这样一个事实：这三只来自假定的犬类驯化地区的狼，与犬类的遗传距离都相等。先前的研究表明，犬类可能起源于近东的狼，而其他研究者则主张起源于东亚。这里的结果支持了这样一个论点：这些说法是对当地狼和犬类种群之间真实基因流动的误解。 作者检测到了西欧亚狼与西犬（巴辛吉犬和拳击犬）之间，以及东欧亚狼与东犬（澳洲野狗）之间的基因流动。顺带一提，这些结果也证实了犬类的农业化之前的起源，在 95% 的置信区间内，分化大约在 11000-16000 年前。这与中国研究组的观点略有出入，但这可能仅仅是不同突变率参数的差异。无论如何，结论是犬类早于农业化。但这并不意味着农业化无关紧要。就适应性而言，这里有很多内容，我不确定这篇论文在这方面是否有革命性的东西。首先，它们证实了正如在人类中一样，犬类在淀粉酶基因的拷贝数方面也存在个体差异，这取决于生活方式。澳洲野狗和阿拉斯加雪橇犬的拷贝数非常少，而古代西亚犬的拷贝数则很多。此外，作者在狼类中发现了该性状的正常变异，这意味着淀粉酶多态性是现有的遗传变异的一部分。我将留给您去梳理一下在犬类进化过程中受到自然选择影响的各种基因。我更感兴趣的是犬类内部的变异，因为那里也应该存在遗传变异。引用：arXiv:1305.7390v2 [q-bio.GN]
