所有生活在陆地上的脊椎动物——从人类到鳄鱼再到鸟类——统称为四足动物，意为四只脚。这个名称一直沿用，即使连接其中两只脚的腿在人类身上变成了手臂，在鸟类身上变成了翅膀。而蛇的变化则更为彻底：它们失去了所有的四肢。它们有肢体遗产的为数不多的遗迹之一是隐藏在肋骨内的退化骨盆。
蛇是如何出现的？这些动物的独特性模糊了它们的祖先。它们的鳞片、卵以及头骨的细微特征表明它们是从蜥蜴进化而来的，但很难将它们与任何特定的群体联系起来。由于在分类学上无法确定它们的地位，古生物学家只能对蛇是如何失去肢体的提出最牵强的假设。但由于发现了一块拥有腿的1亿年前的蛇化石，这种困惑可能现在已经消散了。
这条三英尺长的生物，名为问题棘龙（Pachyrachis problematicus，意为“问题棘龙”），于20世纪70年代末由采石场工人发现，地点在耶路撒冷以北12英里处。初步研究后，希伯来大学的爬行类动物学家乔治·哈斯（George Haas）认为，尽管该化石看起来像蛇，但没有证据表明它与蛇有密切关系。事情就这么搁置了，直到1996年，澳大利亚悉尼大学的迈克尔·李（Michael Lee）和芝加哥菲尔德博物馆的迈克尔·卡德维尔（Michael Caldwell）来到耶路撒冷对该化石进行了更深入的研究。他们从石灰石板中暴露了更多化石，并仔细将其骨骼与蛇和蜥蜴的骨骼进行了比较。李说：“你首先要看它可能与哪些动物有关，而哈斯当时并没有接触到很多原始蛇类材料。”
他和卡德维尔得出结论，问题棘龙拥有许多蛇特有的特征。例如，它的身体又长又蜿蜒：它的躯干有140块椎骨；大多数蜥蜴只有25块。而蜥蜴的脑颅是开放的，问题棘龙却像蛇一样，脑颅完全封闭。它的下颚非常灵活：下颚没有在下巴处融合，因此两半可以向两侧张开以吞食大型猎物。上下颚沿长度方向有许多铰链，可以进一步扩大张口。李说：“毫无疑问，它们是蛇。”
然而，问题棘龙仍然保留了一些原始解剖结构，李和卡德维尔从中瞥见了蛇的系谱。最明显的当然是腿。问题棘龙的化石有两条后腿，每条腿约一英寸长，只缺少脚。问题棘龙的脚可能在死后被冲走了，但李推测它们最多也就是退化的，可能只有几根脚趾。不那么明显但同样重要的是它的骨盆，它位于肋骨之外而不是之内，以及其脊柱和头骨的一些诊断性细节。
总而言之，问题棘龙的特征指向了一个令人惊讶的动物——一种已灭绝的巨型海洋蜥蜴，被称为沧龙——是蛇最亲近的亲戚。这两个谱系可能在至少1.1亿年前就分开了。沧龙最初是陆地上的四足蜥蜴，看起来很像近亲的科莫多巨蜥。它们的身体随后变长，四肢在下水后逐渐萎缩。到1亿年前，沧龙体长可达45英尺，通过摆动强壮的尾巴和桨状的四肢在水中游动。它们与陆地上的恐龙一起，在6500万年前消失了，可能是由于小行星或彗星撞击的结果。
李和卡德维尔认为，与沧龙的这种亲缘关系反驳了最流行的蛇进化假说。尽管如今的蛇生活在从树林到沙漠再到河流的各种环境中，但最原始的蛇都生活在地下。这一事实促使研究人员提出，蛇是从陆地蜥蜴（也许是一种类似石龙子的蜥蜴）进化而来，这种蜥蜴适应了地下生活。如今蛇的许多特征可能是在适应穴居生活时进化而来的。拉长身体会赋予它们更强的肌肉力量，以便用头部钻穿土壤并钻入缝隙。几乎所有爬行动物（蛇除外）都有鼓膜。对于一种在地下穿行的动物来说，封闭耳朵是有道理的，因为它们几乎听不到空中的声音。
然而，李和卡德维尔怀疑蛇是从穴居蜥蜴进化而来的。李说：“我对此并不特别满意，因为仅仅观察最原始的现存蛇类是不够的。你还必须考察蛇最亲近的亲戚。”他和卡德维尔现在想知道，是否是时候复兴一个被长期忽视的理论了：那就是蛇实际上是在水中开始它们的生命的。
沧龙，它们最亲近的亲戚，生活在海洋中，而问题棘龙，最原始的蛇，也生活在那里。它的化石表明它非常适应海洋生活——例如，它的尾巴像鳗鱼一样扁平，有助于在水中向前推进。为了抵消充满空气的肺的浮力，问题棘龙的肋骨很重。李说：“如果你曾经潜过水，你知道必须携带几公斤的配重。现存蛇类的许多适应性特征，无论是在游泳还是在穴居方面，都同样有道理。鼓膜（问题棘龙没有）在水下和地下一样无用，而细长的无肢身体对游泳很有用。李说：“蛇身上的一些特征，通常被解释为穴居的适应性，但如果你仔细想想，它们也可能与水生有关。”
李和卡德维尔现在正在思考一个引人入胜但又有些奇怪的场景：产生当今蛇类的动物跳入水中，失去了它们的腿，然后爬了出来。在蛇适应了在海洋中游泳之后，它们发现它们的身体非常适合陆地生活，无论是作为穴居者还是在其他栖息地。李说：“为了让这个故事更加令人眩晕，一些蛇又回到了水中，变成了今天的海蛇。在问题棘龙的描述之前，一百年来没有人认真提出蛇的起源是水生的。这是一个巨大的变化。”
