当1996年前两个月报告的脑膜炎病例数超过前四年的总和时，尼日利亚当局就知道他们面临一场重大疫情。疫情席卷了尼日利亚21个州中的至少10个州，以及布基纳法索和撒哈拉以南地区（被称为萨赫勒地区）的其他国家。到5月下旬疫情结束时，非洲报告的脑膜炎病例数达到了历史新高——超过14万例，至少15,000人死亡。官员们说，这些数字很可能被低估了。毕竟，国际救援组织“无国界医生”的马克·加斯特卢·埃切戈里（Marc Gastellu Etchegorry）指出，尼日利亚没有CDC（美国疾病控制与预防中心）。
疫情随着旱季到来，尼日利亚的空气变得非常干燥多尘，鼻子和喉咙中脆弱的粘膜会开裂。这为各种呼吸道病菌提供了完美的入侵途径——包括脑膜炎奈瑟菌（Neisseria meningitides），这是最普遍的脑膜炎细菌之一，并最终被确定为这次疫情的幕后黑手。这种细菌通常存在于呼吸道组织中，但只有当它设法穿透粘膜组织并定植于脑膜（包围大脑和脊髓的膜）时才会变得有害。患者会出现颈部僵硬、剧烈头痛、发烧和恶心。如果感染未得到治疗，一些人会死于癫痫发作或败血症。
为了帮助抗击疫情，“无国界医生”和世界卫生组织向受灾最严重的地区派遣了救援人员。仅在尼日利亚，就有约3万名患者接受了氯霉素抗生素治疗，超过300万人接种了疫苗。然而，直到5月下旬雨季自然开始，才扑灭了疫情的火焰。
埃切戈里指出，如果有一个健全的疫苗接种计划，所有这些本可以避免。但尼日利亚没有。在世界的这个地区，人们只有通过接触细菌本身才能获得对脑膜炎的免疫力。尼日利亚过去曾发生过脑膜炎疫情，但规模通常较小。换句话说，大多数尼日利亚人——事实上，大多数萨赫勒地区的人——从未接触过脑膜炎，因此没有产生免疫力。埃切戈里说，好消息是他们现在已经付出了代价。他解释说，现在，因为他们已经接种了疫苗，而且经历过这次疫情，他们在未来几年内不会有再次爆发的风险。但是，免疫水平将逐步降低，他们将再次面临同样的风险。
