美国医生在2012年前10个月诊断出超过34,000例百日咳病例——这种疾病也称为百日咳。这个数字是1976年（该疾病病例数最低的一年）的34倍。百日咳是发达世界中控制最差的疫苗可预防疾病之一，它不仅仅是一种不便；它会杀死尚未受到免疫保护的幼儿。在百日咳疫苗于1940年代常规使用之前，这种细菌感染每年在美国造成约4,000人死亡。2011年造成13人死亡。
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与麻疹卷土重来不同，百日咳的再次流行与家长抵制疫苗的关系不大。“我们认为那些豁免者并没有推动当前的这一波疫情，”国家免疫和呼吸疾病中心主任安妮·舒查特在7月表示。问题更加根本，因此也更加棘手。在2012年爆发疫情的主要热点地区华盛顿州，7到10岁感染百日咳的儿童中，约四分之三已经完成了疫苗接种。
疾病控制与预防中心（CDC）的流行病学家斯泰西·马丁说：“疫苗的有效性下降的速度比我们预期的更快，”她说。“我们正在努力了解为什么。”疫苗接种后的保护作用会随着时间的推移而逐渐下降。因此，接种疫苗的成年人和较大儿童可能会不知不觉地携带这种高度传染的感染。在更好的疫苗问世之前，CDC敦促青少年和成年人接种一次加强针，但截至2010年，只有8%的美国成年人这样做。
