我对卢卡·帕加尼（Luca Pagani）关于埃塞俄比亚人基因起源的论文的主要担忧/问题之一是，他发现他们的西欧亚祖先更接近黎凡特地区，而非阿拉伯地区。我对此感到困惑，因为在基于模型聚类（例如，Admixture）中，当你深入到精细的粒度级别时，总是能看到埃塞俄比亚人与也门人在非非洲祖先方面聚类。更确切地说，也门犹太人通常约占 ~100% 的 X 成分，而这约占埃塞俄比亚人祖先的 ~50%。据我回忆，帕加尼等人使用了 haplotype 窗口，他们将这些窗口分配给欧亚或非洲祖先成分，并将这些窗口与相关的种群进行比较。由于帕加尼等人使用了基因组的片段，而不仅仅是特定的基因型，我更重视他们的发现。但我希望使用 TreeMix 再次检查，看看 Admixture 中的发现是否异常。因此，我又取了一个约 15 万 SNP 的数据集，用迁移 = 5 的参数在 TreeMix 上运行它。
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再次可以看出，埃塞俄比亚人的基因流动来自树上一个与也门犹太人相当接近的位置。一个可能解释这一现象的模型，并且仍然与帕加尼的发现一致，是阿拉伯人本身就是一个合成种群。“纯粹”的也门犹太人可能具有古老的非洲亲缘性，其下方存在来自北方的入侵元素。在这个模型中，埃塞俄比亚和阿拉伯半岛之间存在并行性，主要区别在于来源种群的混合程度（在阿拉伯半岛更大），以及目标种群的一些差异。这再次提醒我们，要谨慎对待第一印象的总结。
