1962年，建筑师山崎实开始为世界贸易中心设计两座高1360英尺的塔楼时，并未过多考虑恐怖主义问题。但负责1776英尺摩天大楼项目的项目经理肯尼思·刘易斯则不能这样。他表示：“在曼哈顿市中心，一个曾两次遭受袭击的地点，人们会考虑自身安全。”未来的居住者可能会因为刘易斯和他的同事们采用了最新的材料和工程技术，设计出一座即使高度耸立，也能顽强抵抗爆炸和其他暴力袭击的建筑而感到安心。“它的设计就像一座外国大使馆一样安全，”他说。
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安全措施从地面开始，建造了一个186英尺的基础，能够承受比1993年汽车炸弹袭击更强大的爆炸冲击。纽约警察局称，那次袭击相当于900磅TNT炸药。双子塔的框架完全由钢制成，而新建筑的基础以及贯穿其中心的结构将由540万立方英尺的混凝土制成，足以填满60个奥运会尺寸的游泳池。这种混凝土混合物能够承受每平方英寸高达15000磅的压力，是纽约市建筑史上最坚固的混凝土。它的强度来自于钢筋、一种新开发的材料混合物以及高科技养护工艺。混凝土硬化过程中的化学反应对温度非常敏感，因此在浇筑混凝土时，工程师会放入带有微芯片温度计，以无线方式传输温度读数。
建筑周围的钢结构也将同样坚固。2001年，飞机撞击双子塔时，撞击点下方几层的楼板在上方重量的压迫下弯曲，引发了多米诺骨牌效应，最终导致完全倒塌。一号世界贸易中心将采用焊接和螺栓连接的梁和柱子来分散重量，以便即使任何两根柱子失效，其余的柱子也能分担压力。
但刘易斯坚持认为，这些众多的安全措施不会定义这座塔。“它具有标志性意义，但并非因为它看起来像一个碉堡，”他说。“它具有标志性意义，因为它是一座美丽的建筑。”
