智能设计（又名 创造论的后代）的倡导者在政治方面一直不顺利。这次选举季，他们在堪萨斯州和俄亥俄州教育委员会的盟友纷纷落败。在科学方面，情况一直都不顺利。西雅图的发现研究所声称花费了数百万美元进行研究。但收效甚微。正如我去年 所写，一位进化生物学家发表的同行评审论文比发现研究所的整个团队发表的还要多。你很难找到一篇真正声称智能设计得到原始证据支持的论文。他们最接近的标准——对寒武纪生命大爆发的评论——后来被期刊撤回了。发现研究所声称他们有各种 正在进行的工作，但他们还没有 准备好与世界分享。相反，他们更愿意攻击记者。九月，发现研究所的 Casey Luskin 发表了一篇长达 31 页的攻击文章，批评科学博主 Chris Mooney。Mooney 是《共和党对科学的战争》一书的作者，该书详细介绍了发现研究所用于推广智能设计的策略，以及法院对智能设计的严厉驳斥。正如我当时所写，Luskin 的 指控空穴来风。现在，我也开始受到莫尼式待遇了。起因是我发表在最新一期《国家地理》上的文章，内容是关于 复杂特征的进化。在这篇文章中，我回顾了花朵和眼睛等复杂特征的几个例子，并描述了它们进化的最新研究。昨天，Casey Luskin 在发现研究所的“进化新闻与观点”网站上发布了对这篇文章的 攻击第一部分。我们还需要期待多少部分呢？Luskin 没有给出任何线索。但在一部分中，Luskin 已经提供了大量的歪曲和错误的推理。Luskin 文章的标题是“《国家地理》的进化文章讨论了支持智能设计的证据”。Luskin 声称我选择性地、误导性地呈现信息，以支持进化论。如果我呈现了全貌，智能设计（即生命过于复杂，必须由一个智能设计者创造的观点）的论点就会清晰起来。为了解释为什么这是错误的，我需要花点时间解释一下科学写作通常是如何进行的。你通过阅读同行评审期刊上的最新论文来熟悉一个主题。你联系那些论文的作者。你与其他有类似研究经历的专家交流。有些情况下，他们对大局达成一致。在其他情况下，他们则截然不同。然后，你试图将所有这些信息整合到一篇文章中，以向不熟悉该主题的读者介绍该主题。你是否会逐字引用你读过的所有论文？当然不是。你选择那些最能说明导致科学家得出普遍结论的研究工作的例子。但是，为了确保你选择了正确的例子并准确地描述了它们，事实核查员会仔细检查你的工作，找出错误。换句话说，文章中缺少某些信息并不意味着记者在歪曲主题。Luskin 希望我们相信并非如此。更重要的是，他声称我文章中“额外”缺失的信息使进化论受到质疑。它并没有。案例 1：胚胎。在文章的第 115 页，有一张插图，展示了三种胚胎：鱼、鸡和人。标题解释说，这些动物的早期胚胎看起来很相似，但胚胎相应部分的基因通过不同的路径指导发育。它补充说，进化常常通过改变控制发育的基因来重塑生物。Luskin 回应说，他展示了一张从卵到成体的胚胎发育图。在原肠胚阶段，脊椎动物胚胎之间的差异更大（例如，有些是球形的，有些是扁平的）。最终，脊椎动物胚胎会经过一个“模式期”（phylotypic stage），在这个阶段它们与其他脊椎动物胚胎非常相似，然后才形成其独特的身份。“这些事实并不完全符合 Zimmer 的说法，即‘进化常常通过修补控制发育的基因来重塑生物’，”Luskin 宣称，“因为发育的沙漏模式表明，从最早的发育阶段开始，从鱼类发育最终转化为其他发育形式将需要彻底的重塑（而不是‘修补’）。”这在很多方面都是错误的。让我将其分解为三个部分：胚胎最早的差异、模式期和脊椎动物的成体形态。正如科学博主 PZ Myers 已经清楚解释过的，最早阶段的差异是表面的。在许多情况下，差异仅仅在于胚胎是作为细胞团发育，还是作为位于卵黄上方的细胞团发育。无论最早期的胚胎看起来有何不同，它们都会经历相同的核心发育步骤，称为原肠胚形成。相同的基因控制着这个过程。换句话说，我们今天在脊椎动物胚胎最早阶段看到的是对祖先主题的变体。听起来就像我所说的标准进化过程。至于模式期，科学家们仍在争论为什么它在脊椎动物中仍然如此相似。可能存在一些限制，阻止自然选择有利于推动胚胎脱离这种形状的突变。一旦胚胎通过模式期，它们就开始发育出独特的器官。Luskin 完全忽略了《国家地理》插图中实际展示的具体器官：肢芽。在鱼类、鸡类和人类的胚胎中，胚胎侧面会出现微小的细胞肿块，并且细胞表达几乎相同的基因网络。但在接下来的几天或几周内，肢芽会发育成非常不同的形状——鳍、翅膀或手。科学家们已经绘制了在肢芽细胞中开启以形成不同形态的基因。（值得指出的是，这些科学家中没有人在发现研究所工作。）事实证明，许多相同的基因在鳍、手和翅膀中都在发挥作用。差异的出现要归功于基因在肢芽中产生蛋白质的时间和位置的差异。这正是科学家们谈论修补控制发育的基因时所指的那种进化。案例 2：细菌鞭毛。许多细菌（如大肠杆菌）使用旋转的尾巴来游泳。这些鞭毛由数十种蛋白质组成，它们协同工作。有些行为像马达，有些像柔韧的钩子，还有些则像卷曲的尾巴。还有其他蛋白质帮助构建鞭毛，例如用于向生长中的轴注入蛋白质的针。我并不惊讶发现研究所会试图攻击这个例子。在我关于大肠杆菌的新书工作中，我一直在探索创造论者对细菌鞭毛的长期迷恋。1994 年，《创造研究季刊》专门发表了一篇文章来介绍它的奇迹。“对进化论者来说，”文章声称，“这个系统是一个谜；对创造论者来说，它提供了明确而令人信服的有意设计证据。”2005 年，多佛智能设计案被称为 细菌鞭毛审判。但无论是在审判中，还是在同行评审期刊上，科学家们都解释了为什么智能设计鞭毛的观点在科学界没有立足之地。在 Luskin 的攻击中，他歪曲了我的文章以及它所描述的科学。他声称我提供的唯一证据是那个“针”。某些大肠杆菌菌株和其他种类的细菌使用几乎相同形式的这种针来将毒素注入其他细胞。Luskin 随后引用了同样来自发现研究所的 William Dembski 的话，他声称这个“针”只是支持鞭毛进化的一个证据。“需要的是完整的进化路径，而不仅仅是沿途的一个可能绿洲，”Dembski 告诉我们。Luskin 显然不理解“例如”这个 [strike]词[/strike] 短语的含义。我选择描述了鞭毛中许多可以在微生物中找到并服务于其他功能的结构之一。我根据许多识别鞭毛与其他结构中的蛋白质之间进化联系的论文来撰写文章的这部分。但我不可能把它们全部列举出来。与其真正处理科学论文中的所有证据，Luskin 更喜欢攻击一本大众杂志的文章，因为它读起来不像一篇科学论文。Luskin 还让我们相信，找到进化论支持的唯一方法是提供跨越数十亿年的逐突变进化变化的详细描述。科学的实际运作方式大不相同。科学家们不会乘坐时光机一步步重现历史。他们收集证据，并判断这些证据是否支持一个假设。如果鞭毛是从早期结构进化而来的，那么发现相关结构形式的出现将不足为奇。我在文章中还解释了鞭毛本身如何为持续的进化提供证据——包括鞭毛丢失、只有其失效基因作为分子遗迹存活下来的情况。这些是支持鞭毛进化假说的其他证据。所有这些进化联系使研究人员开始建立关于细菌鞭毛如何进化的详细假说。我描述了这些假说之一，该假说由 Mark J. Pallen 和 Nicholas J. Matzke 于 2006 年 10 月在《自然-微生物学综述》期刊上发表，标题为 《从物种起源到细菌鞭毛起源》。它以一种简单的分子注入结构开始，然后变得越来越复杂。在这个过程中组合的所有结构都可以在现存的微生物中找到。在某些情况下，也发现了这些结构的组合。而且科学家们才刚刚开始探索微生物领域，所以科学家们可以在未来几年内检验 Pallen 和 Matzke 的假说。然而，如果仅仅依赖 Luskin，你就会认为我是在编造一个故事。Luskin 在他帖子的开头声称我正在写支持智能设计的证据，但他的帖子中没有提到原因。Luskin 反而试图挑剔进化生物学的漏洞，但失败了。他要求对历史进行极其详细的重建作为进化论的证据，却不要求智能设计倡导者也这样做，这真是令人难以置信。显然，在发现研究所，规则是不同的。在那里，你只需要含糊地提及一个设计者，声称进化论存在一些所谓的不足，就大功告成了。“凭借其不可约简的复杂性和机器般的特性，”Luskin 总结道，“也许起源鞭毛最简单的解释就是智能设计。”“不可约简的复杂性”这个术语在谈论鞭毛时毫无意义，而仅仅依赖于某物“机器般的”外观，并不能令人信服地证明某物是被设计的而不是进化的。这让我想起了阿尔伯特·爱因斯坦的明智建议：一切都要尽可能简单，但不能过于简单。（注：如果 Luskin 继续写第二部分攻击，我将根据需要更新这篇文章。然而，我怀疑它会是老调重弹。）更新，11/16：第二部分 在他 的第二篇帖子 中，Luskin 宣布我的文章“讽刺的是，讨论了许多 ID-支持者经常声称支持智能设计的证据”。这种讽刺在哪里呢？想象一下，如果我的文章是关于大峡谷的形成——关于数百万年来形成其壁的岩层，关于岩层被抬起和侵蚀的不连续处，然后又被更多的岩层覆盖，最终被科罗拉多河切割。如果 Casey Luskin 是一个年轻地球创造论者，他可能会写道，这篇文章“讽刺的是”讨论了许多年轻地球创造论者 经常声称 支持大峡谷是在几千年前由全球性洪水形成的观点的证据。仅仅因为他们讨论相同的证据，并不意味着他们的结论是有效的。智能设计也是如此。这种无关紧要并没有阻止 Luskin 继续拿出文章中的零碎信息，并声称它们是设计证据。他重新讲述了我提供的关于不同物种群体使用祖先基因组来实现不同功能的各种例子。例如，发育中的苍蝇身体的轴由与我们自己的基因相同的家族基因控制。正如我在文章中所解释的，科学家们对这些基因是如何随着时间进化的进行了大量研究。例如，一套祖先的身体轴基因（称为同源异形基因）被传递给不同的动物谱系。在每个谱系中，都生成了新的副本，一些旧副本丢失了，基因由于自然选择青睐的突变而逐渐改变了其遗传序列。当然，关于这种进化还有很多工作需要完成，但到目前为止的所有工作都支持这些基因通过我们可以看到的自然过程分化的理论。例如，自然选择会在基因上留下其印记。一些突变会改变蛋白质，而另一些则没有影响，当基因适应新的环境时，改变蛋白质的突变通常很普遍。因此，如果身体轴基因的进化是自然选择适应的过程，那么你就会期望在这些基因上看到这种印记。耶鲁大学的一些科学家决定进行调查，并在本月早些时候报告说他们 发现了这些印记。令人惊讶的是，他们甚至可以精确地指出在基因中经历了强烈自然选择的部分：那些编码蛋白质中与其他基因结合以启动它们的区域。这正是你期望找到印记的地方。Luskin 没有费心去处理这项科学研究，或者任何其他研究。相反，他暗示这些基因是“共同设计”的标志。显然，“设计者经常会重复使用在不同设计中起作用的部件”。所以，一方面，科学家们使用最新的统计技术来分析 155 个不同的基因以检测自然选择，然后进行关于进化蛋白质结构本身的研究。另一方面，Luskin 说这些基因……嗯，它们看起来像是被一个设计者重复使用的。真正具有讽刺意味的是，智能设计倡导者现在试图利用共享基因组作为“共同设计”的证据。毕竟，没过多久，他们还声称细菌鞭毛 这样的生物结构 是被智能设计的，并以此为证据声称鞭毛是由一套 *独特* 的基因编码的。唯一的问题是，科学家们越来越擅长寻找“独特”基因的近亲，这些基因通常具有其他功能。现在，Luskin 和他的同伴们提出了一位设计者，他（她？）会做任何需要做的事情来模仿进化生物学家记录的任何变化。最后，Luskin 在文章的 *比喻* 中寻找智能设计的支持——我没开玩笑。在我的文章中有几个地方，我引用科学家们将一些进化过程比作主题的变奏，或者在翻修房屋时更换元素。Luskin 声称，在这两种情况下，这些比喻都暗示着“智能代理”。在你喊出“哇！哥们！”之前，请考虑文章中的另一个比喻。Sean Carroll 将胚胎的发育比作建筑物的建造
“如果你每天下午 6 点路过一个建筑工地，你会说，哇，这真是奇迹——建筑物竟然自己建起来了。但如果你整天坐在那里，看到工人和工具，你就会明白它是如何组装起来的。我们现在可以看到工人、机械。”
按照 Luskin 的逻辑，胚胎里一定充满了真正的建筑工人——或者至少是“智能代理”。但出乎意料的是，建筑工人只不过是普通的分子，是碳、氧、氢和其他元素的链条，在我们所理解的意义上并没有智能。然而，这些基因和蛋白质却完全有能力建造一个胚胎。我在文章中经常使用比喻，因为它们有助于让我们更熟悉自然的陌生领域。我假设读者会认识到胚胎里没有戴着安全帽的家伙。但现在，至少有一位读者我有所怀疑。我们快完成了。Luskin 预告了还有一篇。你猜他接下来会怎么做？字数统计？更新，11/18：第三部分：“福特 Pinto 汽车，尽管在碰撞测试中暴露了所有缺点，但它不也是被设计的吗？” 这不是来自《洋葱新闻》中对智能设计的 讽刺。这些话实际上出现在发现研究所对我的文章的长篇回应的 最后一部分。我忍不住想让这些话自己说出它们的荒谬之处，然后在这里结束这篇文章。但值得走到最后。Luskin 将杂志文章混淆为科学论文，在修辞手法中寻找设计证据，现在他却为智能设计设定了讨论规则。唯一的问题是，他自己似乎无法遵守这些规则。作为他的最后一个目标，Luskin 选择了我对眼睛进化的描述。近年来，科学家们揭示了脊椎动物和无脊椎动物眼睛之间隐藏的联系。这些线索正在帮助科学家们理解早期动物中的感光细胞是如何进化成今天各种各样的眼睛的。Luskin 迅速略过了这项研究，称之为“让人联想到共同设计”。*让人联想到* 这个词对于一位智能设计倡导者来说，用得非常不热情。你无法判断他是否真的认为这些祖先基因是设计的证据，还是它们只是隐约让他联想到设计。无论如何，声称这些保守的基因是“共同设计”是对科学家们正在记录的完整进化过程的严重简化。进化生物学家不仅仅识别参与构建眼睛等结构的祖先基因。他们还识别这些基因在不同动物谱系中是如何复制和分化的，以及其他基因是如何在后期被用于构建新类型的眼睛的。我们的眼睛和苍蝇的眼睛都含有称为晶状体的折射物质。但每种晶状体的基因都不同，可以追溯到在身体中具有其他功能的祖先基因。Luskin 没有提供任何替代的解释，也没有指出同行评审的科学论文。他只是回忆。然而，当有人建议脊椎动物的眼睛在某些方面似乎设计得并不好时，Luskin 却来了兴致。正如我指出的那样，视网膜脆弱地附着在眼球后部，可能会脱落；它的感光细胞是向后指向的；而视神经为了穿过眼球必须产生一个盲点。这些观察构成了 Luskin 回应的大部分内容，他的回应以这个问题达到高潮——他用斜体字写道——*“《国家地理》为何会成为一种神学观点的代言人，该观点认为设计者必须设计出能够抵御某些类型物理攻击的物体？”* 神学？我们怎么会走到这一步？嗯，显然智能设计 *只* 要求“检测特定复杂性”。如果某物显示出特定复杂性，那么它一定是被智能设计的。“特定复杂性” 是智能设计倡导者使用的一个术语，用于描述如此出乎意料以至于只能由设计创造的模式。据说，可以使用数学程序来检测特定复杂性。Luskin 实际上并没有提到是否有人检测到了眼睛的特定复杂性。我对此一无所知，对科学论文数据库的搜索也没有发现任何结果。我是说，没有任何结果。我在 PubMed，一个由美国国立卫生研究院维护的包含 33,000 多种科学期刊的数据库中，搜索了“特定复杂性”这个短语。我得到了这个回复：“未找到引用的短语。”这是因为特定复杂性已经被科学界 一致驳斥。Luskin 警告说，敢于说一个关于设计超过特定复杂性的词，就是推测“设计者的道德目的”。换句话说，这是神学。根据 韦氏词典 的说法，神学就是“对上帝及其与世界关系的研究所”。我在文章中没有提到上帝。毕竟，这是一篇关于科学的文章，即仅限于自然解释的自然世界的研究。我只是指出——正如其他人之前所做的那样——脊椎动物眼睛的缺陷使得很难将其视为一位设计者的作品，而这位设计者——根据定义——在建造之前就可以设计出某种东西。然而，Luskin 宣称我通过讨论超出特定复杂性的智能设计概念越界了。这里只有一个小问题。让我放纵一下我自己的斜体字：*当 Luskin 自己写关于智能设计的内容时，他也超出了特定复杂性。* Luskin 通过告诉我们设计者会重复使用设计来支持他的智能设计论点。他告诉我们设计者会制造会灾难性失败的东西，就像福特 Pinto。Luskin 对别人打破他的规则大加挞伐，但他自己却打破了。他满足于仅仅告诉我们眼睛具有特定复杂性。也许是因为他做不到。他的发现研究所的同事也打破了规则，讨论了智能设计的目的——Michael Behe 在多佛审判中作证说，在“有目的的部件排列”中存在智能设计的证据。“有目的的部件排列”。发现研究所为他人制定规则，而自己却不必遵守。然而，在指责我搞神学之后，Luskin 仍然不满足于放过眼睛的缺陷。在告诉我们设计缺陷无关紧要之后，他立即转而声称脊椎动物的眼睛并非“效率低下”。他引用了一篇创造论杂志的文章，称视网膜必须倒置才能接触到称为视网膜色素上皮的组织层，视网膜的生存依赖于此。这是一个老掉牙的创造论论调，最近 Ian Musgrave 又将其驳斥了一遍。简而言之，视网膜色素上皮和其他眼部特征弥补了其结构问题。例如，由于脊椎动物眼睛的倒置排列，眼球后部过热，需要血管来带走多余的热量。章鱼和其他头足类动物的视网膜是向前排列的，这使得它们不需要这种额外的功能。它们需要更少的血液流动来冷却和滋养它们的眼睛，而它们的眼睛非常强大（且没有盲点）。这就是全部。这就是发现研究所为期一周的攻击的总和。他们声称我的文章中的插图具有误导性，而它们并没有。他们声称我几乎没有提供各种性状进化的证据，但却忽略了我提供的许多证据（以及科学论文中的证据）。他们声称我通过讨论超越已被证伪的特定复杂性概念的设计观点在传播神学，而他们自己却远远超出了这个概念。我花了大量时间进行这次反驳，部分原因是我不想让针对我的指控得不到回应，部分原因是因为探索智能设计倡导者使用的论证方式很有趣。我们遇到了关于各种物种的大量零散信息，给人的印象是进化论没有证据，而智能设计有很多。但这些攻击中没有发现对生物本身的任何真正兴趣。为什么你和章鱼会有如此不同又如此相似的眼睛？这是一个引人入胜的问题，但 Luskin 的帖子中从未出现过。设计总是答案，就像一堵砖墙挡住好奇的心灵。
