阿波罗11号宇航员使用无菌采样器来避免污染从月球收集的岩石和土壤。宇航员使用延长手柄来握住用于样品的无菌塑料袋。
尽管如此，天体生物学家安德鲁·斯蒂尔检查的所有样本都受到了刷毛、塑料碎片、尼龙、特氟龙，甚至宇航员的生物材料的污染。塑料袋本身是主要的污染源。
总共，阿波罗宇航员收集了840磅的月球材料。
月球样本储存在位于德克萨斯州休斯顿的美国宇航局约翰逊航天中心的月球样本实验室设施中，储存在充氮气的钢柜中。研究人员必须戴三层手套来保护样本。在柜子内部，密封的特氟龙袋、塑料小瓶以及不锈钢或铝容器容纳着样本。
2000年10月，联邦调查局逮捕了一名在亚利桑那州声称在互联网上出售月球岩石的男子。理查德·基思·芒廷认罪，并被判处21个月监禁，三年缓刑，以及300小时社区服务。
2000年，众议院批准向32名阿波罗宇航员赠送月球岩石，包括在阿波罗1号任务中遇难的机组人员的家人。有一个条件：岩石不能出售——只能传给家人。
最初，月球岩石与大约一打种动物隔离检疫，以确保它们不携带有毒或有害物质。蟑螂被喂食并接种月球岩石长达28天，这对它们没有造成伤害。草履虫、涡虫、虾、牡蛎和苍蝇也充当了实验动物。
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