几年前,在一次洲际航班上,哈里斯·莱文(Harris Lewin)决定寻找地球上所有复杂生命的共同祖先,从黏菌到他的同伴乘客。作为加州大学戴维斯分校的进化与生态学教授,莱文知道他必须怎么做才能在进化时间上追溯数十亿年,研究这个神秘的祖先:生成今天所有现存物种的DNA序列。这将是全球范围内的“人类基因组计划”(HGP)的等同物,该计划在2003年完整绘制了我们物种的DNA。
莱文拿出铅笔计算成本。“我简直不敢相信那个数字,”他回忆道。估价为30亿美元,这完全在当今“登月计划”科学的预算范围内,而且经过通货膨胀调整后,远低于20世纪90年代测序人类基因组的成本。
回到地面后,莱文给他的朋友约翰·克雷斯(John Kress)发了一封电子邮件,克雷斯是一位植物学家,当时担任史密森尼学会科学部副部长。2015年11月,克雷斯在史密森尼学会召集了一批顶尖科学家开会,莱文提议在十年内对所有150万已知的真核生物进行测序——真核生物是拥有细胞核的生物,这是将复杂生命与微生物区分开来的特征。由于他们都想不出为什么这“不可能”完成的理由,他们开始策划如何让这些数据证明其昂贵的费用是合理的,从而支持从医学到保护的方方面面。
现在,世界各地的实验室正在启动他们的DNA测序仪。地球生物基因组计划(EBP)已获得数亿美元的种子资金,并在《美国国家科学院院刊》上发表了一项概述“生物学史上最宏伟提案”的计划,目前正在进行中。
但是,要测序一个生物体的DNA,你必须先拿到它。动物园和植物园,以及史密森尼学会等地,通过它们收集的50万个物种提供了一个开端。更好的是,大约15,000个完整的基因组已经发表,大部分是由EBP所效仿的小型项目完成的。例如,1KP计划测序了1,000个植物基因组,而Genome 10K正在努力测序10,000个脊椎动物。
莱文认为,热心的公民科学家或许可以收集到另外50万个物种样本,但收集最后50万个将需要重大的创新,例如样本收集无人机和潜水器。
数据处理是另一个障碍。EBP的初始阶段侧重于质量,生成大约9,000个高度详细的“参考基因组”。使用当前技术,这项任务将需要超过150年。不列颠哥伦比亚大学的生物学家迈克尔·戴霍洛斯(Michael Deyholos)曾帮助领导1KP,他赞扬了EBP的雄心,但他补充说:“我认为这些时间表根本不现实。”
然而,人类基因组计划表明,看似不可能的任务可能完全可行。需求和财政资源是巨大的技术加速器。在20世纪80年代中期,当研究人员构思人类基因组计划时,他们知道他们必须测序30亿个DNA碱基对,但他们每周只能测序300个。“但人们说,‘好吧,我们可以测序DNA,’”莱文说。“他们开始问,‘如果呢?’”
人类基因组计划为美国经济贡献了约1万亿美元。它帮助专家改善了医学诊断并发现了新药。EBP可能带来类似的收益,特别是对医学领域。
“80%的药物来自天然产物,”莱文观察到。这些通常基于人类缺乏但其他生物具有的适应性,例如微生物抗性。研究人员可能会利用新测序的生物体或其基因来制造这些物质,以及新型材料和毒性更小的燃料。
但即使只是了解亚马逊雨林冠层到海底的存在,对正在应对气候变化和大规模灭绝的生态学家来说也很有价值。可以迁移遗传多样性低的种群,以最大程度地减少近亲繁殖。科学家可能会发现促进韧性的基因——例如最近发现的一种使某些珊瑚菌株更能耐热的基因。
然而,莱文尽管非常渴望拯救世界,却情不自禁地沉浸在基础科学中。“再过10年,我就71岁了,”他说,“到那时,我希望我们能重建真核生物的祖先基因组”,这只能通过找出所有复杂生命共享的遗传物质才能发现。“拥有完整的蓝图还将使我们能够理解自然选择的规则,然后我们就能理解进化的轨迹。”
莱文的抱负无非是揭示过去并预测未来——这两者都可能是驾驭当前不可或缺的工具。
[本文最初以“生命编目”发表于印刷版。]















