如果长颈鹿是委员会设计的动物，那么斗牛犬一定是兽医为了支付巨额房款而拼凑出来的。新生斗牛犬的头通常与母犬的产道比例失调，以至于必须通过剖腹产分娩。等到它们成年时，它们的头颅围度与肩高相当。斗牛犬也经常患有心脏病。“我有一个朋友多年来一直在尝试繁育斗牛犬，”原始犬类和土狗协会创始人 Janice Koler-Matznick 说。“她会得到一窝三只幼犬，要么全部夭折，要么都有心脏病，她不得不安乐死它们。这太令人心碎了。”
Koler-Matznick 也不太喜欢德国牧羊犬，至少不喜欢那些在犬展上获奖的。“（它们有着非常长的后躯，但这也导致了残疾），”她说。还有寻血猎犬。（“它们被选育得像一个巨大的鼻子长在腿上，但不幸的是，那条腿不太好用。”）Koler-Matznick 本性并不古怪，她也不讨厌纯种犬。她几十年来一直是训犬师、犬展专业牵犬师、犬种繁殖者等等。但她喜欢她的狗健康强壮，并认为许多犬种繁育对这个物种有害，不仅导致设计缺陷，还导致严重的遗传疾病倾向。她并不孤单。如果你把创造纯种犬看作一种基因工程——利用集约式人工选育来提高目标基因的频率——那么 Koler-Matznick 就是逆向工程运动的一部分。她与一些失望的繁殖者、兽医研究人员甚至遗传学家一起，正在寻找解决人类制造的问题的方法。
据保护生物学家 Dan Wharton 说，许多这些问题都是完全可以预测的。作为纽约市中央公园动物园的园长，以及北美野生动物园和水族馆协会大猩猩和雪豹繁殖计划的经理，Wharton 在职业上致力于遗传学科学。但他家里也有两只彭布罗克威尔士柯基犬，几年前他突然意识到自己的两个兴趣正在正面冲突。“一些犬种繁育的概念是源于我们一百年前对遗传学的理解，”他说。“繁殖者们所做的以及他们所期望的，并不一定相匹配。”
以近亲繁殖为例，这涉及到将具有特定性状的近亲犬进行交配——例如，完美的下垂耳朵。近亲繁殖有效。正如繁殖者所说的，它可以“固定”一个性状，确保一窝幼犬中至少有一些会携带下垂耳基因，并且只携带下垂耳基因，传给后代。“但从生物学角度来看，近亲繁殖也是我们称之为近繁殖，”Wharton 说。“而近繁殖是有弊端的。”
毕竟，你不应该和你的姐妹结婚，不仅仅是因为她抱怨她母亲时你会感兴趣。人类和狗一样，每条染色体都有两个拷贝，这使得它们拥有两套完整的基因。如果母亲给孩子一个有缺陷的基因版本，父亲的拷贝通常可以完成工作。但如果父母是兄妹，他们很可能携带相同的故障基因，他们的孩子很可能会得到双倍剂量。称之为近亲繁殖还是近繁殖，它都是增加遗传病发生几率的好方法。因此，巴辛吉犬容易患上一种可能致命的贫血症，英国獒犬容易失明，贝德灵顿梗犬容易患上一种代谢性疾病，导致它们从食物中囤积足够的铜，从而损害肝脏。
诚然，有些狗的基因库比其他狗小。每一只顶冠、扁脸的西施犬都可以追溯到中国文化大革命前运出的仅 14 只狗。但几乎所有展示犬的基因库都是封闭的：美国犬业俱乐部（AKC）的章程禁止繁殖者注册一只狗，除非其父母已注册，这意味着无法引入新基因来更新。再加上“热门种公”综合征的影响，当繁殖者使用一只有着明星风范的公狗来繁育远超其正常数量的幼犬时，即使是像拉布拉多和金毛猎犬这样数量众多的品种，也无法幸免于基因瓶颈的危险。
Wharton 说，一种补救方法是说服犬迷改变他们对品种纯度的看法——将他们的关注点放在特定基因上，而不是狗本身。毕竟，无论是吉娃娃还是大丹犬，绝大多数基因都编码着基本的犬类特征；区别在于编码每个品种标志性特征的少数基因的细微差异。“一个人可以在不近繁殖整条狗的情况下，近繁殖那些基因性状，”Wharton 说。
假设一种遗传病在澳大利亚牧羊犬中变得过于普遍。一位繁殖者可能会将他的一只名种公犬与一只边境牧羊犬交配，边境牧羊犬也是一种牧羊犬，外观上有些相似。当幼犬长大到一定年龄时，它们可以回交到目标品种——也就是说，与澳大利亚牧羊犬交配。从基因上看，产生的幼犬将有四分之三是澳牧，但在外观上，它们将是混合搭配的。大多数幼犬看起来像经典的杂交犬，但有些则具有纯种澳大利亚牧羊犬的外观和行为，尽管具有更多的基因多样性和“杂交优势”。这些是繁殖者可以用来更新澳牧基因库的犬。
基因疗法最大的成功之一是治疗患有先天性失明的犬。2001 年，研究人员将有缺陷基因的正常版本插入到一个无害的病毒中，然后将病毒注射到一只名叫 Lancelot 的失明幼犬的视网膜后面。三个月后，Lancelot 就能看见了。
Wharton 说：“当你进行基因管理时，品种的完整性并没有受到挑战。这只是理解组成你品种完整性的基因非常少的问题。这不像将两种液体倒入瓶子，它们会混合在一起而无法分离。基因是特定的实体。它们会随机排序，但你可以从中挑选。”这样的系统会有成本。繁殖者可能需要“回溯”几代才能得到一只合格的狗。对于不想过快催促狗繁殖的细心爱好者来说，这可能意味着多年无缘犬展金牌。
另一种策略将科学地重现所有繁殖者都熟悉的那个幸运巧合：由平庸的父母生出冠军幼犬。繁殖者将从两个谱系开始，每个谱系都携带一些品种的珍贵性状。杂交可以产生一只健康、基因多样、体型、比例、毛色和行为都理想的狗。不幸的是，这只狗不能用于繁衍下一代，否则两个谱系将迅速融合。
养鸡户采用类似的方法，因为他们对肉质的胸脯和产蛋能力等要求很高，但无法承担近繁殖带来的健康问题。雄性谱系的鸡可能被选择以其体型和生长速度，而雌性谱系则被选择以其繁殖能力和产蛋能力。事实是，繁殖者无法同时选择快速生长和良好的产蛋能力，因为快速生长的鸡往往产蛋能力较差。然而，通过杂交，养鸡户可以两者兼得。
追求利润已将养鸡业变成了一门科学。犬种繁育在很大程度上仍然是一种激情，这让 Koler-Matznick 对改革感到悲观。Wharton 更为乐观。“到目前为止，我还没有听说有繁殖者对重新发明范式感兴趣，”他说。“但我认为这一天终将到来。”
美国犬业俱乐部（AKC）的网站列出了 150 个 AKC 认可的犬种以及照片：www.akc.org。
