尽管马达加斯加距离非洲海岸仅250英里，但语言学和考古证据表明，其最早的定居者——大约在公元400年抵达——并非来自非洲，而是来自印度尼西亚，位于东方3000多英里处。如今的马达加斯加1300万人口都说马达加斯加语，虽然其中包含一些非洲班图语词汇，但它与婆罗洲巴里托河地区的马anyan语最为接近。人们认为非洲人直到很久以后才抵达马达加斯加；具体时间尚不清楚。
为了验证这一长期存在的语言学证据的准确性，宾夕法尼亚州立大学的分子进化生物学家Himla Soodyall转向了现代遗传分析技术。她发现，一些马达加斯加人与波利尼西亚人有着遗传亲缘关系——这表明波利尼西亚和马达加斯加可能由同一批航海的印度尼西亚人定居。
Soodyall比较了波利尼西亚、巴布亚新几内亚、印度尼西亚、东南亚、非洲和马达加斯加人群中一种名为波利尼西亚基序的遗传标记的发生率。波利尼西亚基序存在于线粒体DNA中，线粒体DNA通常从母代传给女代而不发生改变。（线粒体是细胞的能量产生工厂。）
她发现，这种基序在夏威夷、萨摩亚、复活节岛和沿海巴布亚新几内亚都很常见。但在Soodyall研究组中的18%的马达加斯加人也携带了这种基序。在印度尼西亚东部和婆罗洲南部的人群中，这种基序较为罕见，只有不到5%的人携带，并且在所取样的非洲人中完全不存在。
Soodyall指出，现代波利尼西亚人本身就是印度尼西亚航海者的后代，因此语言学证据和遗传证据并不一定相互矛盾。如果波利尼西亚人和马达加斯加人都是来自同一批印度尼西亚祖先，那么两者都可能是真的。尽管这种遗传基序在印度尼西亚人中很少见，但如果它恰好存在于那些乘船出海的人身上，它就会在新建立的东方和西方人口中变得更加普遍。Soodyall说：“我的直觉是，当这些人离开印度尼西亚时，也许有一艘船碰上了逆风，向西驶向非洲。”他们一定都是一起出发的，只是有一艘船迷路了。
