距今70万岁的马骨（跖骨）两块，在提取DNA之前。图片由Ludovic Orlando提供 在加拿大偏远的育空地区永冻土中发现的一块古代马脚骨，促使古遗传学家重新校准了他们对马匹历史的整个认识。骨基质中的胶原蛋白痕迹含有足够完整的DNA，可以测序整个基因组，使其成为迄今为止最古老的完整基因组。这块化石马生活在中更新世，距今56万至78万年前。这使得它的基因组成为迄今为止测序的任何物种中最古老的，遥遥领先。事实上，这个马基因组比目前的纪录保持者还要古老大约六倍。在掌握了古代马匹的基因组后，研究人员希望追溯这种早期Equus标本向当代马匹的进化。比较物种包括一匹晚更新世（4.3万年前）的马，一匹现代普氏野马（被认为是最后一个野马种群），以及五个现代品种（阿拉伯马、冰岛马、挪威峡湾马、标准马和纯种马）。研究人员甚至还测序了一头驴。DNA重叠显示，这匹古代马是所有现代野生马、家马以及驴和斑马的祖先。根据这些物种之间的遗传变异，以及这种变化可能发生的速率，科学家们确定Equus谱系起源于400万至450万年前——将马匹谱系的时间延长了先前认为的两倍。
普氏野马在蒙古西部的Khomyntal，这是三个重新引入地之一。这些马于2004年从法国Le Villaret进口。图片由Claudia Feh, Association pour le cheval de Przewalski提供 研究人员还利用这些数据确定了野生马和家马种群分化的时间，大约在3.8万至7.2万年前。自那时以来，基因显示家马一直在持续选择其强大的免疫系统和敏锐的嗅觉。这一发现对野马也具有启示意义：它证实了普氏野马确实是最后一个现存的野马种，因为它们在家马品种分化之前就从共同祖先分化出来。普氏野马于1996年被列为野外灭绝，但此后已被重新引入到蒙古草原，而这次测序表明，个体具有足够的遗传变异，值得继续进行保护工作。研究人员还发现，根据今天发表在《自然》杂志上的研究，在过去两百万年里，马匹种群曾多次达到顶峰和骤降，这与极端气候变化的时期相吻合。对最古老基因组的测序为马匹历史提供了新的见解，但这项技术将对所有种类的古代物种产生影响。该研究表明，过去认为太古老或太小的古代DNA片段实际上仍然可以被测序。埋藏在地壳上层中，长度仅为25个碱基对的DNA片段可能可以在数百万年内得以保存。所以，古遗传学家们，加油吧！
