读者们这个周末很忙，在我上一篇关于艾滋病毒的帖子下发布了五十多条评论。大部分讨论是由一位年轻地球创造论者的评论引发的，他声称我提出的进化树仅仅是微进化的一个例子，而创造论者对此显然没有异议。这个说法由来已久，认为上帝创造了不同“种类”的动植物（我想还有病毒），从那时起这些种类经历了微小的变化，但从未变成另一种“种类”。
一些读者表示沮丧，因为评论偏离了主题，变成了关于创造论的争论。不过，我对评论区发生的事情持相当放松的态度。我承认，这种态度部分源于我没有时间整天盯着评论。但我也不喜欢关闭讨论，当然除了那些兜售色情内容的机器人评论。
我本人发现，对进化的异议经常成为讨论有趣科学研究的好机会。例如，我们来谈谈艾滋病毒进化树仅仅记录了微进化的说法。
这是我上一篇文章中发表在《柳叶刀》上的进化树。它将一种新的、具有攻击性且耐药的艾滋病毒株与从其他患者身上提取的毒株进行了比较。这些病毒都源自一个共同的祖先。它们的后代发生了突变，许多突变体死亡，一些突变体由于能够逃避宿主的免疫系统而得以繁衍。拥有更近共同祖先的毒株位于更近的枝条上。
这种新毒株属于一个统称为HIV-1的毒株群。如果将HIV-1与动物体内发现的病毒进行比较会怎样？是否不可能将这些病毒连接到一棵树上？它们是否都是独立创造的，各自困扰着自己的宿主？如果“微进化可以，宏进化不行”的观点确实成立，人们可能会这么认为。毕竟，感染不同动物的病毒通常是不同的。它们只有拥有适合宿主物种的生物设备才能生存，而不同的物种对病毒提出了不同的挑战。
事实证明，用于比较不同人身上发现的HIV毒株的方法，在更大尺度上也同样适用。科学家可以绘制出进化树。
这是该进化树的最新版本，刊登在《病毒学杂志》的最新一期上。HIV-1的不同分支以黑色标记。红色分支是发现于某些黑猩猩种群中的病毒，称为猿猴免疫缺陷病毒（SIV）。蓝色分支也代表黑猩猩SIV，但它们与HIV-1的关系更远。（旁注：《柳叶刀》论文没有具体说明那种恶性新毒株属于哪个HIV-1群。这是一个正在进行的研究问题。）
因此，HIV-1似乎不止一次地从黑猩猩SIV祖先进化成人类的祸害。其中一个可能的途径是西非黑猩猩肉贸易的增加。猎人在伤口中沾染黑猩猩血液后可能被感染，某些能够在我们物种中存活下来的毒株随后可以进化成更适应的形式。
当然，将HIV-1的进化追溯到如此遥远，就会引出一个问题：HIV-1的祖先从何而来？《病毒学杂志》上的综述作者又进一步追溯，将黑猩猩SIV与其他猴子的SIV进行比较。这项工作现在终于崩溃了吗？“微进化”最终是否碰壁，无法解释“宏进化”？
不。他们发现的是这样的。左边的树是基于一项针对一种名为Pol的HIV/SIV基因的研究，右边的树是基于另一种名为Env的基因。SIVcpz指的是黑猩猩SIV，其他缩写指的是在各种猴子体内发现的SIV。
事实证明，黑猩猩SIV中的不同基因具有不同的进化历史。这不足为奇。病毒学家早就知道，一种动物可能被两种不同的病毒感染，在极少数情况下，这两种病毒可能会将其遗传物质结合成一个单一的包。科学家们假设，黑猩猩SIV是从红顶白眉猴SIV以及感染大白鼻猴、髭猴和摩纳猴的SIV进化而来的。正如人类捕猎黑猩猩一样，黑猩猩也捕猎并食用猴子。所以它们可能以这种方式被感染。
你可以用任何经过仔细研究的病毒——或者任何动物或植物物种——来追溯时间。以我们为例。科学家们经常发表进化树，比较个体人类的DNA。他们也使用同样的方法来证明黑猩猩是我们现存的近亲，灵长类动物起源于小型鼩鼱状哺乳动物祖先，哺乳动物和其他陆生脊椎动物起源于鱼类等等。（我今天早上没有时间找这些进化树的例子，但如果今晚有时间我会找。）当然，这些进化树中有些部分仍然难以辨认。例如，DNA有时进化得太多，以至于一个基因最终会模糊它自己的历史。但是科学家们从未遇到创造论者声称存在的“墙”。
