如今，美国许多农民已经习惯了基因改造（GM）大豆和玉米，围绕转基因作物的争议可能会转移到转基因桉树上——一种生长迅速的澳大利亚树木，其未改良的品种主导着热带木材行业。
两大行业巨头国际纸业公司（International Paper Co.）和MeadWestvaco公司已成立一家名为ArborGen LLC的生物技术合资企业，该公司正寻求将这种树木引入美国东南部森林。该公司正寻求政府进一步放松管制，以便能够推行其计划，用能够耐受寒冷冬季温度的基因工程桉树取代东南部人工林中的本土松树。
与南部人工林中使用的松树不同——这些松树已悄然帮助该地区摆脱了烟草经济——桉树可以在几年内长成茂密的树冠。它对碳的吸收能力很强，27个月内就可以长到55英尺高[《纽约时报》]。ArborGen指出，高生长速度将使该公司能在更少的土地上生长更多的木材，这可能会提振该地区的木材出口。此外，这些木材还有可能作为生物燃料的原料。
然而，批评者担心这种植物会像野草一样不受控制地生长，吞噬整个森林并消灭本土植物。用于培育ArborGen杂交品种的两种物种之一——巨桉（Eucalyptus grandis）——此前曾在南非入侵性爆发，这引发了人们对这种树木在美国南部也可能入侵的担忧。ArborGen已获得美国农业部（USDA）的条件批准，将其实验性桉树种植扩展到七个州的28个地点，总计330英亩的森林。然而，鉴于其中的不确定性，大自然保护协会建议美国农业部允许ArborGen种植更少面积和树木开花，并且在佛罗里达州不允许开花，[生态学家Doria Gordon]说。美国农业部批准的草案许可证允许在该州10个地点开花[《纽约时报》]。ArborGen指出，在南非具有入侵性的桉树是在干旱条件下茁壮成长的，由于佛罗里达州气候湿润，这种情况不会发生。
ArborGen还表示，转基因桉树不会扩散，因为一项基因改造可以阻止树木繁殖。（类似的技术已被用于使玉米和大豆等转基因植物不育，这是一种有争议的策略，迫使农民每年购买新种子。）对于桉树，ArborGen通过一种产生有毒酶barnase的细菌基因来限制其花粉生产，这种酶会切割细胞内的遗传物质，导致细胞死亡。通过基因技巧，这种酶只在树木的花粉传播部分产生，从而破坏了其繁殖能力——至少在大多数情况下是这样[《纽约时报》]。
目前尚不清楚公众将如何看待转基因森林。但科学家指出，一些经过基因改造以预防疾病的树木已经获得了广泛接受——例如夏威夷的木瓜树，它们对环斑病毒的抵抗力更强，以及对致命真菌具有抵抗力的美国栗树。ArborGen的科学家认为，出于商业原因改造桉树与早期的努力没有太大区别，并表示这些树木最终可能在生物燃料生产中发挥重要作用。与ArborGen合作的树木遗传学家Steve Strauss说：“如果我们想依靠生物燃料作为多元化可再生技术组合的重要组成部分，”那么砍伐树木是最好的选择。“有很多边际土地可以利用”[《纽约时报》]。
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